日本温州总商会成立于2000年5月7日，秉承“爱国爱乡、互帮互助、团结同胞、维护侨胞权益”宗旨，致力于促进在日温州经商者之间的交流，以增进中日两国的商务往来。
本商会密切关心着祖国家乡和侨居国的发展建设和安危。2001年为温州世纪宝鼎捐赠80万日元。2004年8月，应温州市政府聘请，成为温州市政府开放办唯一的在日温州招商引资联络处。2008年，成为日本温州投资促进联络处。同年4月赴长野支援奥运火炬接力、并为四川地震捐赠100万日元。2010年5月为青海玉树募捐80万日元。2011年3月东日本大地震，经公益法人日本财团向友好城市石卷市捐赠100万日元。并且动员在温州的成员们募集了20万人民币捐给石卷市。同年7月组织义捐活动，为受灾的石卷市募集善款40余万日元。
2010年年初，还成立了日本温州华侨史的调研和编写委员会，面向在日各界温州人进行采访和统计等调研工作，由京都大学的博士生郑乐静总结在日温州人的奋斗经历并编撰成册。
日本温州总商会经过近二十年的共同努力和健康发展，在中日社会具有了一定的规模和影响。总商会热忱欢迎新老在日温州华人华侨的加入，也欢迎来自祖国各地的华侨华人积极参与我们的各项活动，为团结在日华人和同乡、促进和发展商业，支援祖国建设尽自己的一份力量。